Фамилия Скугорина — женская форма, но её происхождение проще проследить через мужской вариант Скугорин. Основа здесь — прозвище Скугора или Скугор, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Скугоры. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Само слово «скугора» в русских говорах имеет несколько значений, и все они нелестные. В рязанских, тамбовских и владимирских диалектах скугорой называли сварливого, брюзгливого или плаксивого человека, того, кто постоянно «скугорит» — ворчит, ноет или капризничает. В. И. Даль в своём словаре фиксирует глагол «скугорить» именно в значении «плакать, хныкать, докучать просьбами». Есть и более редкое толкование: в некоторых областях так говорили о неопрятном, неряшливом человеке.

Таким образом, первый носитель прозвища Скугора — скорее всего, обладатель неспокойного характера, любитель поворчать или человек, который часто жаловался. Прозвища такого рода были распространены в крестьянской среде, где меткое слово быстро прилипало к человеку и потом переходило в фамилию. В документах XVII–XVIII веков похожие прозвища встречаются, например, в переписных книгах Рязанского края, что косвенно подтверждает географию корня.

Фамилия Скугорина не относится к числу распространённых. Её можно встретить преимущественно в центральных областях России — в Рязанской, Владимирской, Нижегородской областях, а также среди потомков переселенцев на Урале и в Сибири. Вариант с ударением на второй слог (Скуго́рина) встречается чаще, чем на первый (Ску́горина), хотя диалектные различия могли влиять на произношение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Скугорев, Скугорьев, Скугорнов — показывает, что все они образованы от одной основы, но с разными суффиксами. Скугорин — самая прямая и короткая форма, без дополнительных суффиксальных наращений, что делает её особенно старой по типу образования.