Фамилия Скунов — одна из тех, где прозвищная основа просматривается почти сразу, но точное значение может раздвоиться. В её основе лежит древнерусское слово «скун» или диалектное «скуна». В большинстве говоров «скуный» означало «скупой, жадный», а «скун» — скупца. Прозвище Скун могли дать человеку бережливому до крайности, либо, напротив, иронично — тому, кто сорил деньгами. Такие «отрицательные» прозвища в крестьянской среде были обычным делом: они не несли оскорбления, а скорее закрепляли заметную черту характера.

Но есть и вторая версия, связанная с географией. В новгородских и псковских говорах «скун» — это «скула», то есть человек, который постоянно скулит, жалуется, ноет. Если фамилия бытует на северо-западе России, скорее всего, корень именно этот. В таком случае Скун — прозвище нытика, и фамилия Скунов образована по стандартной патронимической модели: «чей сын?» — Скунов, то есть сын Скуна.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: это типичная русская фамилия, возникшая не раньше XV–XVI веков, когда прозвища начали закрепляться за потомками. В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, Скунов идёт от твёрдой основы «Скун». Встречается она в основном в центральных и северных областях России, но без высокой частотности — фамилия редкая.

Однокоренных фамилий немного: Скунин (от «Скуня», уменьшительной формы), Скунцев (от «скун» с другим суффиксом). Похожая по звучанию фамилия Скунс к русской этимологии отношения не имеет — это книжное заимствование названия зверька, которое в фамилиях почти не встречается. Так что Скунов — это не про зоологию, а про человеческий характер, и разобраться, скупой предок или нытик, можно только по местной истории семьи.