Фамилия Скунягин — редкий случай, когда прозвищная основа не сразу поддаётся толкованию. В ней нет очевидной связи с распространёнными ремёслами или крестильными именами. Наиболее вероятное объяснение лежит в диалектной лексике северных и центральных областей России.

Корень «скун-» восходит к глаголу «скунять» или «скунить». В рязанских, владимирских и ярославских говорах это значило «скулить, хныкать, жаловаться, ныть». Соответственно, Скуняга — прозвище плаксивого, вечно недовольного или капризного человека. Суффикс «-яга» в русских прозвищах типичен для характеристики по поведению: вспомните «работага», «бедняга», «гуляка». Такие прозвища давали не в обиду, а как меткую бытовую примету.

Модель образования фамилии проста: прозвище Скуняга плюс притяжательный суффикс «-ин», означающий «чей?» — сын Скуняги, Скунягин. Типологически это чисто русская фамилия, без иноязычных вкраплений. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах — там, где фиксируется и сам глагол «скунять». В южнорусских областях она практически не отмечена.

Менее убедительная версия возводит основу к слову «скунс» через западное посредничество, но это анахронизм: название зверька вошло в русский язык поздно, а фамилия фиксируется в документах XVII–XVIII веков, когда о скунсах в крестьянской среде не знали. Также не стоит путать Скунягина с окающим вариантом «Сконягин» — там возможна иная этимология, от «сконяться» (шататься, бродить).

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Скунягин не разбирается отдельно, но типологически он вписывается в группу фамилий от прозвищ, образованных по поведенческому признаку. Никаких следов дворянского происхождения или известных исторических носителей нет — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, что типично для прозвищ с суффиксом «-яга».

Итог прост: предок носителя фамилии был человеком, которого в деревне прозвали Скунягой — за привычку жаловаться или ныть. Но со временем прозвище утратило отрицательный оттенок и стало нейтральным родовым именем.