Фамилия Сунягин образована от прозвища или нецерковного имени Суняга. В её основе, скорее всего, лежит диалектное слово «суня» или «сунявый». В северных и сибирских говорах «сунявый» означало «сумрачный», «пасмурный», «угрюмый». Реже — «смуглый», «смуглолицый». Прозвище Суняга могли дать человеку с хмурым выражением лица или, наоборот, с тёмной кожей. Есть и менее очевидная версия: связь с глаголом «сунуть» через значение «тот, кто совался не в своё дело», но она кажется натянутой — словообразовательная модель прозвища указывает на качественный признак, а не на действие.

Суффикс -яг(а) в русских прозвищах типичен для северных и поволжских говоров: вспомните Ворягу, Гулягу, Телягу. Такая модель придавала имени или прозвищу оттенок просторечной ласкательности или, наоборот, пренебрежения. Фамилия на -ин — классическая притяжательная форма: Сунягин означало «сын Суняги». Встречается она преимущественно в областях, где осело население из бывших новгородских земель — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. В переписных книгах XVII века среди крестьян Важского уезда упоминаются Сунягины, что подтверждает северное происхождение.

Важно не путать Сунягина с фамилиями, образованными от тюркского имени Суня (или Суна). У них другое происхождение и, как правило, иная суффиксация — Суняев, Сунаев. Сунягин — случай чисто русский, диалектный. Носители этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми Русского Севера, а прозвище их предка указывало на внешность или характер, а не на ремесло.