Фамилия Сенягин образована от прозвища или имени Сеняга. Основа здесь — уменьшительная форма Сеня от канонического крестильного имени Симеон (в просторечии Семён). Суффикс -яг(а) — довольно редкий в русской антропонимии, он характерен для северных и северо-западных говоров (ср. Витяга, Коляга, Миняга). Такие формы часто имели пренебрежительный или фамильярный оттенок, но могли закрепляться и как нейтральные бытовые прозвища. Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Сеняги» или «человек из семьи Сеняги».

Семён — одно из самых распространённых имён в русской истории, но фамилия Сенягин встречается редко. Это говорит о том, что прозвище Сеняга, скорее всего, бытовало в узком локальном кругу — в одной деревне или волости. В документах XVII–XVIII веков подобные формы фиксируются в основном среди крестьян и посадских людей Русского Севера и Вятки. Например, в переписных книгах можно встретить Сенягу как самостоятельное имя-прозвище.

Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых говорах «сеняга» могли называть человека, имеющего отношение к сену — косца, торговца или того, кто хранил сено. Но эта гипотеза слабее, поскольку слово «сеняга» в таком значении не зафиксировано в диалектных словарях, а связь с личным именем Семён лежит на поверхности и подтверждается типичной моделью образования.

Фамилия Сенягин — яркий пример того, как редкая уменьшительная форма имени, вытесненная более привычными вариантами (Семёнов, Сенин, Сёмин), сохранилась только в виде родового прозвания. Носители этой фамилии, вероятно, происходят из одного корня, разошедшегося по разным губерниям не ранее XVIII века.