Фамилия Сенягина — женская форма, а мужская, Сенягин, образована от прозвища или нецерковного имени Сеняга. Основа здесь — краткая форма Сеня от крестильного имени Семён (древнееврейское Шимон — «услышанный Богом»). Суффикс -яг(а) в русских прозвищах придавал слову экспрессивный, часто пренебрежительный или шутливый оттенок. Сравните: Витяга (от Витя), Коляга (от Коля), хотя встречались и нейтральные образования. Сенягой могли назвать человека небольшого роста, простого нрава или просто того, кого в семье звали уменьшительно-ласкательно, но с грубоватой интонацией.

Модель фамилии типична для северных и центральных областей России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Сенягин, то есть сын или потомок Сеняги. Такие фамилии чаще встречались в крестьянской среде, где прозвища и полуимена были обычным делом. Дворянских родов с этой фамилией в истории не зафиксировано — это однозначно фамилия простонародная.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «сеняга» могло означать не только человека, но и предмет — например, так называли большой сенной стог или неуклюжую телегу для сена. Если прозвище дали по роду занятий, предок мог быть сенокосцем или возчиком сена. Но версия с личным именем всё же надёжнее: в ономастике известно, что от имён Сеня, Сенюха, Сенюта фамилии образовывались массово, а от предметных прозвищ — реже.

Фамилия нечастая, но не исчезающая. Встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — как раз там, где суффикс -яг(а) в прозвищах был особенно употребителен. Встречаются варианты написания Сенягин/Сенягина, но путаницы с другими фамилиями (Сенявин, Сенюхин) почти не бывает из-за характерного суффикса.