Фамилия Спнягина — женская форма фамилии Спнягин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Основа «спняг-» встречается редко, что указывает на локальное или диалектное прозвище. Скорее всего, в основе лежит диалектное слово «спняг» — вариант «спень» или «спина». В северных и сибирских говорах «спняг» могло означать «затылок», «шея» или «хребет». Соответственно, прозвище Спняг давали человеку с приметной шеей или осанкой — например, сутулому или, наоборот, державшемуся прямо.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Спнягин — «сын Спняга», «из рода Спняга». Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ, не связанных с крестильными именами. Важно, что фамилия сохранила редкую основу, которая в литературном русском языке не закрепилась, но бытовала в устной речи. Встречаются варианты написания «Спнягин» и «Спнягина» — без перехода «я» в «е», что фиксирует именно местное произношение.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Европейской России и Сибири. В дореволюционных переписях Спнягины встречаются среди крестьян Вятской и Пермской губерний. Сословно это однозначно крестьянская среда: прозвище, скорее всего, возникло в общине, где внешние признаки человека служили основой для бытового имени. Никакой связи с дворянскими родами или известными историческими личностями у фамилии нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Спинкин, Спинёв, Спинягин) показывает, что «Спнягин» — один из самых редких вариантов. Если Спинкин образован от «спинка» (уменьшительное), то Спнягин сохранил архаичную форму с носовым звуком. В ономастике это ценный пример того, как диалектное слово, не попавшее в словари, живёт в фамилии.