Фамилия Синягина образована от прозвища Синяга, и у этого прозвища есть две основные версии происхождения. Согласно первой, Синягой в обиходе называли синюю ассигнацию — крупную денежную купюру. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком состоятельным, при деньгах. Вторая версия отталкивается от внешнего вида: синягой дразнили бледного, с синюшным оттенком кожи человека, возможно, нездорового. Обе гипотезы равноправны, и сейчас уже трудно сказать, какая из них точнее описывает конкретного родоначальника.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Синягин — это «сын Синяги», потомок человека с таким прозвищем. Модель типична для русских фамилий, но сама основа встречается реже, чем, например, цветовые прозвища вроде Беляк или Черняк, что делает фамилию заметной на общем фоне.

История рода прослеживается как минимум с XVII века. С.М. Соловьев в третьей главе «Истории России с древнейших времен» упоминает рейтарского майора Синягина времен царствования Алексея Михайловича. Позже в документах фигурирует голова московских стрельцов Матвей Тимофеевич Синягин. Эти упоминания говорят о том, что фамилия бытовала в служилой среде, среди военных и стрельцов.

Отдельная, хорошо документированная ветвь Синягиных происходит от государственных крестьян Смоленской губернии. Родоначальник этой ветви, Акакий Синягин, оставил после себя двадцать три ребенка, но до зрелого возраста дожили только восемь. Государственные крестьяне, в отличие от крепостных, имели право заниматься коммерцией, и семья этим правом активно пользовалась. Синягины возили обозами на юг России лен и пеньку, а обратно привозили сухофрукты и соленую рыбу. К концу XIX века семья фактически контролировала значительную часть торговли в Смоленской губернии, а отдельные ее члены стали крупными хлеботорговцами. Так что для этой ветви фамилия из простого прозвища превратилась в купеческую династию с серьезным капиталом.