Фамилия Санягина — женская форма фамилии Санягин, и её происхождение связано с мужским личным именем или прозвищем. Сама фамилия Санягин образована по классической русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Саняги. Основа здесь — Саняга. Это имя или прозвище, скорее всего, является производной формой от канонического имени Александр. Саня — общеизвестное уменьшительное от Александр, а суффикс -яга придаёт слову оттенок просторечия, иногда с пренебрежительным или шутливым значением. В русских говорах такие формы (Ваняга, Петряга, Саняга) были типичны для неофициального общения, особенно в крестьянской среде.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «саняга» или «саня» — в некоторых говорах так могли называть человека с длинными, свисающими усами (от слова «сани» как метафора чего-то протяжённого). Однако эта гипотеза слабая, так как в ономастике предпочтение отдают антропонимическому происхождению — от личного имени, тем более что цепочка Александр — Саня — Саняга — Санягин естественна и подтверждается множеством аналогичных фамилий (Петрягин, Ванягин, Гридягин).

Фамилия Санягин — относительно редкая. По данным переписей и современных справочников, её носители встречаются в основном в центральных и северных регионах России, например, в Костромской, Вологодской и Кировской областях. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде черносошного (государственного) крестьянства, где прозвища на -яга были особенно популярны. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется — её происхождение однозначно крестьянское или посадское.

Если сравнивать с однокоренными, то Санягин стоит в одном ряду с Саниным, Саничкиным и Саньковым. Но суффикс -ягин встречается реже, чем -ов или -ин, что делает фамилию более узнаваемой и локальной. Таким образом, предок современных Санягиных — это человек по имени или прозвищу Саняга, скорее всего, Александр, которого в быту называли не ласково Сашенька, а фамильярно и по-свойски — Саняга.