Фамилия Санагина — женская форма от Санагин, а та, в свою очередь, образована по простой и типичной для русского севера модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Санагин, то есть «сын (или потомок) Санаги». Вопрос упирается в основу — что или кто такой Санага.

Здесь есть два основных пути, и оба ведут в Сибирь и Приуралье. Первый, самый вероятный, — тюркское происхождение. В башкирском, татарском и казахском языках слово «сана» (или «санау») означает «счёт», «число», а также «мысль», «разум». Прозвище Санага могли дать человеку рассудительному, «счётному», возможно, сборщику податей или просто грамотею. Второй вариант — от диалектного русского слова. В сибирских говорах «санагой» называли сани, но чаще — особую ловушку для зверей, «санки» или «санавку». Тогда Санагой окрестили бы охотника, мастера делать такие снасти, или того, кто промышлял этим способом.

Спор между версиями решается в пользу тюркской, и вот почему. Фамилия Санагин встречается в основном в Зауралье и Сибири — в Курганской, Тюменской, Омской областях. Это зона активного смешения русского и тюркского населения, где фамилии на -ин от прозвищ тюркского корня — обычное дело. Фонетика тоже «говорит»: русское прозвище Санага от «саней» звучало бы как Санежный или Саночкин, а Санагин — это скорее адаптация иноязычного имени или слова.

Если говорить о социальном срезе, то носители фамилии Санагины в XIX веке — это, как правило, государственные крестьяне, реже — казаки. В метрических книгах Шадринского уезда Пермской губернии (сейчас это Курганская область) Санагины записаны как крестьяне деревни Санагиной, что тоже показательно: фамилия могла перейти на населённый пункт, а не наоборот. То есть предки, скорее всего, жили компактно и получили фамилию по общему предку-основателю — тому самому Санаге, человеку сметливому или, по другой версии, охотнику.