Фамилия Санакоева имеет осетинское происхождение и восходит к мужскому имени Санак. Оно, в свою очередь, является вариантом имени героя нартского эпоса — Сайнаг. Это имя представляет собой трансформацию титула хана Батыя – Саин-хан («славный хан»). Само же имя Сайнаг переводится на русский язык как «князь Черной скалы». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Санакоевых можно лишь на основании генеалогических исследований.