Фамилия Санакина образована от прозвища Санака. Оно ведет свое начало от нарицательного «санник» - «мастер, изготовляющий сани». Возможно также, что прозвище образовано от топонима Санак — остров в составе Лисьих островов группы Алеутских островов. Не исключено, что предок родился или жил на этом острове. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия восходит к мужскому осетинскому имени Санак. Оно, в свою очередь, является вариантом имени героя нартского эпоса — Сайнаг. Это имя представляет собой трансформацию титула хана Батыя – Саин-хан («славный хан»). Само же имя Сайнаг переводится на русский язык как «князь Черной скалы». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Санака, со временем получил фамилию Санакина.