Фамилия Самагина — женская форма, а её мужской вариант Самагин. В основе фамилии лежит либо прозвище, либо неканоническое имя Самага. Разберём эту основу — и сразу станет ясно, что корень здесь не самый прозрачный, но вполне объяснимый.

Самое вероятное объяснение — отчество от прозвища Самага. В русских говорах слово «самага» или «самога» могло означать человека самостоятельного, своенравного, того, кто «сам себе господин». Такое прозвище давали независимому, упрямому человеку, который не терпел над собой чужой власти. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Самагин — «сын Самаги» или «из семьи Самаги».

Менее распространённая версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «сама» или «самак» означает «рыба», но это скорее исключение, чем правило, и для центральной России маловероятно. Есть также гипотеза о связи с именем Самуил (через просторечную форму Самага), но она не подкреплена серьёзными ономастическими источниками.

С точки зрения географии, фамилия Самагин встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Это указывает на её севернорусское происхождение, где были распространены прозвища на -ага/-яга (ср. фамилии Балага, Рябинин). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются как типичные для крестьянской среды.

Таким образом, предки Самагиных — скорее всего, вольные крестьяне или ремесленники Русского Севера, получившие фамилию по прозвищу родоначальника. Фамилия редкая, не аристократическая, но с яркой внутренней формой: она прямо говорит о характере человека, который её когда-то носил.