Фамилия Самагаев — редкий случай, когда вопросов больше, чем ответов, и это как раз тот случай, когда честно признать незнание полезнее, чем выдавать догадки за истину. В официальных ономастических справочниках (вроде словаря Б. Унбегауна или работ В. Никонова) эта фамилия не упоминается, что сразу настораживает: скорее всего, перед нами не массовая модель, а локальное, возможно, даже единичное образование.

Если разбирать её по составу, то суффикс -ев указывает на притяжательную модель: «чей?» — Самагаев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Самагай. Это типичная русская патронимическая модель, но вот основа «Самага» совершенно неясна. Она не похожа ни на древнерусское имя, ни на тюркское прозвище вроде Самак или Самат. Единственная слабая параллель — диалектное слово «самага» (или «самога»), которое в некоторых говорах означало «самогон» или «самодельный напиток». Но это всего лишь догадка, не подкреплённая ни географией, ни документами.

Гораздо правдоподобнее версия, что фамилия — результат искажения или адаптации другой, более распространённой. Например, при переписи или в документах могли записать Самагаев вместо Саматов, Самарин или даже Смагин (от «смага» — жар, огонь). В пользу этого говорит то, что фамилия встречается крайне редко: в открытых базах данных (например, в списках участников ВОВ) её носители единичны и сосредоточены в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где при документальной фиксации фамилий часто возникали ошибки из-за смешения языков и диалектов.

Таким образом, если вы носите фамилию Самагаев, то с высокой вероятностью ваши предки — русские крестьяне или мещане из центральной России или Поволжья, а сама фамилия возникла не раньше XVIII–XIX веков, скорее всего, как случайное искажение при записи. Искать в ней глубокий тюркский или финно-угорский след, не имея документальных подтверждений, не стоит.