Фамилия Самагацкая — редкий пример фамилии, которую почти наверняка можно привязать к конкретной географической точке. Её основа — топоним Самагацкий или Самагатка. Скорее всего, так назывался хутор, выселок или урочище на территории современной Украины или юга России. Суффикс -цк- (в женском роде -цк-ая) указывает на происхождение от названия места: «та, которая из Самагацкого». Мужской вариант фамилии — Самагацкий.

Корень «Самагат-» не имеет прозрачной славянской этимологии. Скорее всего, это адаптированное тюркское или монгольское слово. Можно вспомнить «самгат» (в некоторых тюркских языках — «торжество», «праздник») или монгольское «самгаа» («беспорядок», «суматоха»). Впрочем, связь с личным именем или прозвищем маловероятна: фамилия явно «географическая», а не «прозвищная». Если бы её дали по имени, она звучала бы как Самагатов или Самагатин.

Сама фамилия — поздняя, скорее всего, XIX века. Она могла появиться, когда крестьянам или казакам давали фамилии по названию их родного хутора. В пользу этого говорит и окончание -цкий, типичное для польской, украинской и западнорусской шляхты, но в XIX веке массово распространившееся среди крестьянства. Дворянского происхождения у этой фамилии, скорее всего, нет: слишком редкая и «местная».

Встречается Самагацкая исключительно редко, в основном на юге Украины и в Краснодарском крае. Это подтверждает гипотезу о происхождении из зоны контакта с тюркскими народами. Фамилия по сути — «паспорт» предка: он был Самагацким, потому что жил в Самагацком. Других версий, которые бы опирались на известные ономастические словари, у этой фамилии нет.