Фамилия Самаганова — женская форма, а мужская, Самаганов, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Вопрос в том, что стоит в основе. Сама фамилия звучит нехарактерно для исконно русских прозвищ, и её корни, скорее всего, ведут в тюркские языки.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского мужского имени Самаган. В татарском, башкирском и казахском языках имя Самаган (иногда в форме Самагат) означает «небесный хан» или «хан неба», где «сама» — небо, а «ган/хан» — правитель, владыка. Это довольно распространённая модель для составных имён у кочевых народов, где имя должно было придать ребёнку силу и покровительство высших сил. В русскую среду фамилия попала, скорее всего, через крещёных татар или представителей других тюркских народов, которые входили в состав Российского государства.

Есть и более приземлённая версия, связанная с прозвищем. В некоторых тюркских диалектах «самаган» могло означать «глуповатый», «простак» или, наоборот, «человек, который любит подолгу сидеть без дела» (от корня, близкого к «самау» — мешкать, медлить). Но эта гипотеза менее убедительна: прозвища с отрицательным значением редко становились основой для имён, а затем и фамилий у тюркских народов, где имя старались давать благозвучное.

Географически фамилия Самагановы встречается в Поволжье, в частности в Татарстане и Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречаются она и у казахов, что подтверждает её восточное происхождение. Если ваши предки носили эту фамилию, то, скорее всего, они были либо крещёными татарами, либо выходцами из башкирских или казахских родов, перешедшими на русский язык и принявшими русскую фамильную модель.

Что касается суффикса, то он стандартный: -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Самагана). Ударение в фамилии, как правило, падает на третий слог: Самага́нов. В написании важно не путать с фамилией Самаганов, где в корне могла быть иная огласовка.