Фамилия Самаев в большинстве случаев восходит к алтайско-хакасскому мужскому имени Самай. Основа имени — казахское слово «самай», которое переводится как «висок». Имя давали с пожеланием, чтобы ребенок вырос здоровым, сильным и крепким человеком: считалось, что имя, связанное с частью тела, оберегает его обладателя.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Самай добавили типичный русский патронимический суффикс -ев, который указывает на «сына человека по имени Самай». Форма Самаев, а не Самайев, закрепилась в русской традиции из-за чередования й/й перед гласным: в фамилиях на -ай/-ей конечный звук основы часто выпадает при добавлении суффикса.

Важно различать эту фамилию с похожими по звучанию, но иными по происхождению. Например, Самарин образовано от прозвища или имени Самара, а Самаров в некоторых случаях связывают с тюркским словом «самар» — «мешок, вьючная сумка». Самаев же четко держится на личном имени Самай, что делает его типичным примером тюрко-монгольского именника, адаптированного русской фамильной формулой.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили алтайцы, хакасы и буряты, а также к местам расселения казахов. В русских документах она фиксировалась у представителей разных народов Сибири и Поволжья, что отражает активные межэтнические контакты в этих зонах.

Самый известный носитель фамилии — Данзан-Хайбзун Самаев, в миру Фёдор Сергеевич Самаев (1954–2005). Он был видным деятелем тибетского буддизма в России в 1990–2005 годах. В 1990-х возглавлял буддийский храм в Санкт-Петербурге, а с 1994 по 1998 годы избирался депутатом Народного Хурала Республики Бурятия. Его биография показывает, как фамилия, рожденная в кочевой среде, оказалась вплетена в современную российскую историю и религиозную жизнь.

Если говорить о менее известных носителях, то в архивных записях XIX века Самаевы встречаются среди крестьян и казаков Сибири. Это согласуется с тем, что фамилия не была дворянской или сословной — ее носили простые люди, часто сохранявшие память о родовом имени предка. Встречаемость фамилии сегодня невысока, что типично для фамилий, образованных от редких региональных имен.