Фамилия Самахов происходит от тюркского личного имени Самах. В основе лежит древнетюркское слово «самах» — «слух, молва» или «слава». Имя Самах давали с пожеланием известности, доброй славы, чтобы о человеке шла хорошая молва. В некоторых тюркских диалектах «самах» означало также «ухо», но для антропонима вероятнее первое значение.

Фамилию образовали по русской модели с патронимическим суффиксом -ов. Форма Самахов буквально значит «сын Самаха» или «потомок Самаха». Такая модель типична для фамилий, которые складывались в XVI–XIX веках у народов, вошедших в состав Российской империи, особенно в Поволжье и на Урале. Суффикс -ов прибавляли к основам, оканчивающимся на согласный, и Самах даёт именно такую форму.

Фамилия Самахов распространена среди татар, башкир, чувашей и других тюркоязычных народов. В русских документах она могла фиксироваться у служилых татар, торговцев или крестьян. Интересная деталь: в некоторых записях XIX века встречается вариант Самаков — с заменой «х» на «к» под влиянием русской орфографии, где «х» в конце основы встречалось реже, чем «к». Этот вариант сейчас редок, но указывает на то, что фамилия бытовала в устной речи задолго до письменного закрепления.

Сравните с однокоренными фамилиями: Саматов (от Самат) и Саманов (от Саман). Все они восходят к именам с корнем «сам-», означавшим «высокий, достойный». Самахов среди них выделяется тем, что основа не арабского происхождения, а исконно тюркского, что делает фамилию более древней по корню, хотя сама фамильная форма сложилась поздно.