Фамилия Самахин — яркий пример того, как простое прозвище, данное за характерную внешность или поведение, закрепилось в родовом имени. Её основа — слово «самах» или «самаха». В южнорусских и украинских говорах так называли медлительного, вялого человека, разиню. Встречались и другие оттенки: «самахой» могли окрестить неряшливого или нерасторопного крестьянина. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил своё прозвище от окружающих за неспешность или небрежность.

Словообразовательная модель проста и типична для русского севера и центра. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Самахин, то есть сын Самахи. Исходное прозвище Самаха, как и многие другие (Тиша, Грязнуха), было образовано от глагольной основы с помощью суффикса -ах(а), который придаёт слову оттенок просторечия и даже некоторой пренебрежительности. В старину такие прозвища не считались обидными — они фиксировали внешнюю черту или привычку, отличавшую человека от других.

Встречается и более редкая, но вполне возможная версия: связь с тюркским именем Самах (арабского происхождения, означает «щедрый», «великодушный»). В этом случае фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, где личное имя перешло в фамилию через ту же модель с суффиксом -ин. Однако для центральной России версия с прозвищем выглядит правдоподобнее: тюркские корни чаще давали фамилии на -ов (Самахов), а не на -ин.

Географически фамилия Самахин тяготеет к Поволжью и Уралу. В дореволюционных переписях она чаще всего встречается среди государственных крестьян Симбирской, Самарской и Вятской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается и отсутствием в «Общем гербовнике дворянских родов». В советское время носители фамилии расселились шире, но основное ядро по-прежнему остаётся в Приволжском федеральном округе.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Самахин стоит в одном ряду с Самахиным, Самашевым и Самариным. Последняя, кстати, имеет совершенно другое происхождение — от имени Самуил или от названия города Самара. А вот Самахин и Самахов — прямые родственники, различающиеся только суффиксом: -ин против -ов, что отражает диалектные особенности разных областей.