Фамилия Самахужина образована от мужского имени Самахужа, которое, в свою очередь, является сложносоставным тюркским именем. Первая часть, «сама», восходит к арабскому «сам» (высокий, возвышенный или имя собственное Сам, один из сыновей пророка Нуха). Вторая часть — «хужа» (хозяин, господин, владелец), широко распространённый компонент в татарских, башкирских и других тюркских именах (ср. Хужахмет, Хужабирде). Таким образом, Самахужа можно перевести как «высокий господин» или «возвышенный хозяин», что указывает на пожелательное имя, данное ребёнку с надеждой на его будущее уважение и благополучие.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Самахужина — «дочь (или жена) Самахужы». В русской традиции такие фамилии закреплялись за женщинами, но в современном употреблении это женская форма фамилии, а мужская — Самахужин. Фамилия типична для татарской и башкирской ономастики, где личные имена с компонентом «хужа» перешли в фамилии без изменений, лишь с добавлением русского патронимического суффикса.

Географически фамилия Самахужина встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане и среди татарских диаспор в других регионах России. Встречаются варианты написания с «з» (Самахузина) — результат местных диалектных особенностей произношения, когда звук «ж» смягчается или заменяется. Однако основной корень остаётся неизменным.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Самахужа не было столь же популярным, как, например, Хужахмет или просто Хужа. Возможно, предки носительницы фамилии происходили из небольшого села или рода, где это имя передавалось по традиции. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках такая фамилия могла записываться с окончанием -ов (Самахужинов), если крестьяне или мещане получали фамилию по отцу с полным русским суффиксом, но форма на -ин закрепилась как более краткая и близкая к тюркскому оригиналу.

Если ваша фамилия Самахужина, вы с высокой вероятностью принадлежите к татарскому или башкирскому роду, где имя предка подчёркивало его статус или уважение в общине.