Фамилия Самохужин — редкая, но её значение прочитывается почти буквально. В основе лежит прозвище Самохужа, а точнее — Самохужий. Оно образовано слиянием двух корней: «само-» (сам, сам по себе) и «хуж-» от слова «худой» в старом значении «плохой, негодный, скверный». Это не про худобу, а про качество: «сам себе худой», то есть человек, который сам себя считает никудышным, или, что вероятнее, тот, кого так окрестили за небрежность, неудачливость или склонность к самоуничижению.

Суффикс «-ин» указывает на модель образования от названия лица: Самохужа — Самохужин, то есть «сын Самохужи» или «человек из рода Самохужих». В русских говорах «худой» в значении «плохой» встречается повсеместно, но прозвища с «само-» (Самодур, Самозванец, Самохвал) были особенно характерны для северных и центральных регионов. Самохужин, скорее всего, возник в крестьянской среде, где прозвища давали метко и без лести.

Вторая версия, менее вероятная, — происхождение от редкого канонического имени или его производного. В святцах нет имени, близкого к «Самохужу», но в диалектах слово «хуж» могло означать «грубый, неотёсанный» (ср. «хуже»). Тогда Самохужий — «самый грубый», и фамилия закрепляла эту характеристику за родом.

В письменных источниках фамилия почти не встречается. Она отсутствует в боярских списках и ревизских сказках центральных губерний. По косвенным данным, единичные носители фиксируются в южнорусских областях (Курская, Воронежская), где «худой» в значении «плохой» активно использовалось в прозвищах. Возможно, Самохужины — потомки однодворцев, которые селились на южных рубежах и нередко получали фамилии по бытовым характеристикам.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Худов, Худяков, Самохвалов) подтверждает, что Самохужин стоит в ряду «самооценочных» прозвищ. Но если Самохвалов — хвастун, то Самохужин — его антипод: человек, которого считали «самым плохим» или который сам себя так оценивал. В современной России фамилия остаётся штучной, и её носители, вероятно, связаны общим предком, получившим нелестное, но цепкое прозвище.