Фамилия Самохужина — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, буквально «кричит» о своём значении. В отличие от множества фамилий, где корень затемнён, здесь он прозрачен: «сам» и «хуж(е)». Перед нами не географическое название и не профессиональное прозвище, а характеристика человека, данная ему в шутку или с иронией.

Разберём основу. «Хуже» — сравнительная степень от «плохой». Прозвище Самохужа (или Самохуж) мог получить человек, который считал себя хуже других: скромный, самоуничижительный, или же тот, кого так дразнили за показную неловкость. В русских говорах встречалась и фамилия Самохвалов — антагонист по смыслу. Наша фамилия — своеобразный антипод, отражающий самооценку или оценку со стороны.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Самохужин, то есть сын Самохужи. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Женская форма Самохужина — естественное грамматическое окончание, обозначающее носительницу фамилии по отцу или мужу.

Географически фамилия встречается крайне редко. Основные очаги — центральные и северные регионы России, где были сильны традиции прозвищного именования. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова прямых упоминаний нет, что говорит о её локальном, «камерном» характере. Скорее всего, предок носителя фамилии жил в небольшой деревне, где прозвище закрепилось за одной семьёй и не распространилось широко.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и как «защитное» имя. В древности существовал обычай давать детям «плохие» имена (Некрас, Нелюб, Дурак), чтобы отвести сглаз и злых духов. Самохужа могло быть таким именем-оберегом: назвали хуже всех — значит, настоящая жизнь будет лучше. Однако в данном случае это скорее прозвище взрослого человека, отражающее его характер.

В написании фамилии возможна путаница. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Самоху́жина. Вариант с ударением на «у» (Са́мохужина) менее вероятен для русского языка, но не исключён в диалектах. Встречается также ошибочное написание через «о» — «Сомохужин», но этимологически верна форма с «а» после «с».