Фамилия Самоукин — редкий пример, где словообразовательная модель спорит с корнем, и однозначного ответа нет. Формально это типичная «семейная» фамилия на -ин, образованная от прозвища или имени Самоука. Но что такое «Самоука»?

Первая и самая очевидная версия — от глагола «самоукать», то есть «говорить сам с собой», «бормотать», «издавать нечленораздельные звуки». В русских говорах «самоука» — человек, который говорит невнятно, себе под нос, или же тот, кто постоянно ворчит. Прозвище не обидное, скорее описательное: так могли назвать неразговорчивого, замкнутого или, наоборот, старого ворчуна. В пользу этой версии говорит живая внутренняя форма: корень «сам» + звукоподражательное «у» (как в «ухать», «аукать»).

Вторая версия связывает фамилию с диалектным словом «самоук» — так в некоторых областях называли самоучку, человека, который всему научился сам, без наставника. Тогда Самоукин — буквально «сын самоучки». Эта гипотеза менее вероятна: суффикс -ин обычно крепится к основе на -а (Самоука), а не на твёрдый согласный (Самоук), иначе мы бы ждали форму Самоуков. Однако в северных и сибирских говорах, где фамилии на -их/-ых встречаются часто, возможны и исключения.

Третья, совсем спорная версия — от имени Самуил через народную форму Самоха или Самоша. Но тогда суффикс -ин был бы закономерен (Самохин, Самошин), а форма Самоукин выглядит как искажение, маловероятное для устойчивой фамилии.

С географией фамилии сложно: Самоукины не образуют плотных гнёзд, встречаются рассеянно, чаще в центральных и северных областях России. Это указывает на то, что фамилия возникла не в одном месте, а независимо в разных семьях по одному и тому же прозвищу.

Итог: скорее всего, предок носителя этой фамилии был человеком, который говорил сам с собой или бормотал что-то невнятное. Никакого тайного смысла или благородного происхождения — просто бытовое прозвище, которое закрепилось в официальной фамилии.