Фамилия Самоенко — типичный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели. Её основа — имя Самоя, которое в свою очередь является просторечной формой канонического имени Самуил. В украинской традиции такие «стянутые» формы были распространены: Самуил превращался в Самоя, а от него уже шли фамилии на -енко, означающие «потомок, сын Самои». Суффикс -енко — один из самых продуктивных в украинской ономастике XVII–XVIII веков, он указывает на принадлежность к роду, почти как русские -ов/-ев.

Сама основа Самоя интересна тем, что библейское имя Самуил (в переводе «услышанный Богом») в народной речи сократилось до двух слогов, потеряв «у» и «ил». Такое усечение — не редкость для украинских говоров: сравни с формами Ивась от Иван, Панько от Пантелеймон. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным человеком, которого в быту звали Самоя, а его дети уже пошли как Самоенки.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине, а также к южным регионам, куда шли переселенцы. В России Самоенко встречается реже, обычно в местах переселения украинцев XIX века: на Кубани, в Воронежской области, на Дону. В метрических книгах XVIII–XIX веков фамилия могла писаться через «а» — Самаенко, что отражает местное аканье или просто неграмотность писаря.

Социальный контекст: фамилия на -енко в малороссийской среде не была дворянской. Такие фамилии носили казаки, мещане, крестьяне. Самоенко — не прозвище по ремеслу или внешности, а чисто родовая метка: «чей?» — «Самоенко», то есть из семьи Самои. Это значит, что предки были обычными свободными людьми, вероятно, из казацкого сословия, но без привязки к конкретному промыслу.

Есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: что основа Самоя восходит не к имени, а к прозвищу от глагола «сам» — «самостоятельный, своевольный человек». Но в украинской ономастике такие случаи редки: прозвища от «сам» обычно давали в виде Самохвал, Самодур, а не краткое Самоя. Поэтому версия с именем Самуил выглядит надёжнее и подтверждается типовыми моделями фамилий на -енко.