Фамилия Самаин — редкая и неоднозначная по происхождению. Её основа — «Самай» — может восходить к двум разным источникам, и географический контекст здесь едва ли не важнее лингвистического разбора.

Самый очевидный путь — тюркский. В тюркских языках есть слово «самай» (или «самай»), означающее «глухой», «тугой на ухо» или, в переносном смысле, «упрямый». Прозвище Самай могли дать человеку с плохим слухом или с характером, который не слышит чужих доводов. В татарской и башкирской среде такая основа встречается, хотя и нечасто. Суффикс -ин в этом случае — русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «чей? — Самаин», то есть «сын Самая». Модель образования типична для фамилий, возникших в зонах активного русско-тюркского контакта.

Вторая версия — крестильное имя Самай как народная форма церковного имени Самуил или Савватий. В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, имена часто усекали и адаптировали: Самуил превращался в Сама, а от него — Самай. Тогда Самаин — это «сын Самая», где Самай — домашнее, обиходное имя. Такая этимология правдоподобна для фамилий, записанных в среде русского старожильческого населения, но без дополнительных архивных данных её трудно подтвердить.

Написание «Самаин» с одним «м» — ещё один ключ. Если бы фамилия происходила от слова «сам» (как Самохин), мы бы ожидали форму «Самаин» с другим ударением и вряд ли с таким суффиксом. А вот вариант «Саммаин» мог бы указывать на финно-угорские корни (ср. коми «сам» — «чёрт»), но в данном случае этого нет.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не входит в списки распространённых русских фамилий, не зафиксирована в крупных ономастических словарях как самостоятельная единица. Единичные носители живут в Поволжье и на Урале — как раз на стыке тюркского и русского миров. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в конкретной семье в XVIII–XIX веках и не получившая широкого распространения. Её редкость — не повод для догадок, а прямое следствие того, что прозвище или имя Самай не было массовым.