Фамилия Самакин образована от прозвища или нецерковного имени Самака. Слово «самак» в старых русских говорах имело несколько значений, и фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо. Самое прямое значение — «рыба»: в тюркских языках, откуда слово заимствовано, «самак» или «самак» означало именно рыбу. В южнорусских и казачьих областях такое прозвище мог получить рыбак, торговец рыбой или человек с «рыбьей» внешностью — например, с холодными, немигающими глазами.

Вторая версия отсылает к диалектному глаголу «самакать» — говорить невнятно, мямлить, бормотать себе под нос. Прозвище Самака давали неразговорчивому, тихому или невнятно говорящему человеку. В этом случае фамилия — из ряда «молчаливых» прозвищ, которые нередко становились фамилиями в крестьянской среде.

Третий, менее вероятный вариант — от уменьшительной формы крестильного имени Самуил (в просторечии — Сама, Самака). Но для фамилии на -ин это было бы нехарактерно: от имени Самуил обычно образовывали Самуилов или Самохин, а форма Самака скорее прозвищная.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Самакин, то есть сын, потомок или человек из семьи Самаки. Такая модель типична для фамилий, образованных от слов с конечным -а, -я.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Поволжье — там, где были сильны тюркские языковые контакты. Носители Самакиных — не обязательно потомки рыбаков; прозвище могло закрепиться за родом молчунов или людей с негромким голосом. Точных данных о дворянских корнях или известных исторических личностях с этой фамилией нет — она осталась в крестьянской и мещанской среде.