Фамилия Самаева ведет свое начало от алтайско-хакасского мужского имени Самай. Оно происходит от казахского слова «самай», которое в переводе на русский язык означает «висок». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Самаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.