Фамилия Скушникова — женская форма от Скушников, и её разумнее начинать разбирать с мужского варианта. В основе лежит прозвище Скушник, которое, скорее всего, указывало на род занятий или манеру поведения человека.

Самая прямая версия связывает фамилию с диалектным словом «скушать» в значении «съесть, употребить в пищу». Однако прозвище давали не просто любителю поесть, а, вероятно, скомороху или шуту. В старину на Руси скоморохов называли «ску́шниками» или «ску́сниками» — это были потешники, которые «скушали» (то есть съедали, проглатывали) забавы и прибаутки, развлекая публику. В словаре Даля есть глагол «ску́сничать» — балагурить, потешать. Таким образом, предок Скушниковых мог быть бродячим артистом или просто острым на язык весельчаком.

Вторая, менее очевидная версия, отталкивается от того же корня, но с другим смыслом. В некоторых говорах «скушать» означало «взять, забрать, присвоить». Прозвище Скушник могли дать человеку нечистому на руку, мелкому воришке или тому, кто любил поживиться чужим. Эта трактовка встречается реже, но полностью исключать её нельзя, поскольку ономастика часто фиксирует нелестные прозвища, которые со временем становились фамилиями.

Суффикс -ов- в фамилии Скушников указывает на стандартную русскую патронимическую модель XIX века: Скушников — это сын Скушника. Фамилия не относится к числу дворянских или княжеских: она типична для крестьянской, мещанской или купеческой среды. Географически она встречается в центральных и северных областях России, особенно в Костромской и Вологодской губерниях, где скоморошество было особенно распространено и сохранялось дольше, чем в других регионах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Скушников стоит в одном ряду с Кушаковым, Скусовым, Скушаевым. Все они произошли не от имени, а от прозвища по действию или занятию. Ударение в фамилии чаще всего падает на первый слог — Ску́шников, что тоже характерно для прозвищного происхождения.