Фамилия Слипушкина — женская форма мужской фамилии Слипушкин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу — прозвище Слипушка. В русских говорах «слипушка» (или «слипушок») — это нечто слепленное, сбитое в комок, а также так могли называть маленького, плотного человека. В словаре Владимира Даля есть глагол «слипать» — соединяться, склеиваться. Прозвище Слипушка могли дать ребёнку, который постоянно ходил с сомкнутыми, «слипшимися» от сна глазами, или, наоборот, человеку с плохим зрением, который щурился, «слипал» веки.

Словообразовательная модель простая: к основе Слипуш- добавляется уменьшительный суффикс -к- (Слипушка — от слипать или от гипотетического «слип»), а затем фамильный суффикс принадлежности -ин. Окончание -а в женском варианте указывает на то, что носительница — женщина. Фамилии на -ин в русской традиции образуются от основ на -а/-я, поэтому Слипушкин — типичный «матронимический» или, точнее, «прозвищный» патроним: «чей?» — Слипушкин, то есть сын или внук Слипушки.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища, которое закрепилось в конкретной местности. В дореволюционных переписях Слипушкины могли быть крестьянами или мещанами, так как прозвище из бытовой речи редко давали дворянам.

Стоит отличать Слипушкина от похожих фамилий Слепушкин (от «слепой») или Слипаков (от украинского «слипак» — слепой). Если в основе фамилии лежит диалектное «слипаться», то предок мог быть не слепым, а просто сонным или медлительным человеком. Единой версии нет, но прозвищная природа сомнений не вызывает.