Фамилия Смахаров образована от прозвища или нецерковного имени Смахар. В её основе лежит глагол «смахивать» — в старых говорах это слово имело значение «сбивать, стряхивать, обметать». Прямая аналогия — прозвище Смахар, которое могли дать человеку по роду занятий: например, тому, кто работал с зерном (смахивал мякину, сор), или дворнику, подметальщику. Вероятнее всего, прозвище носило профессиональный, а не бытовой характер, иначе бы оно закрепилось за всей семьёй.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, сформировавшихся в XV–XVII веках по принципу «чей?» — то есть «сын Смахара». В говорах русского Севера и Сибири слово «смах» или «смахивать» могло также означать «быстрое, резкое движение», что допускает и вторую версию: прозвище Смахар дали человеку порывистому, суетливому или, наоборот, ловкому, умеющему «смахнуть» дело одним движением. Однако профессиональная версия надёжнее, так как прозвища от действий чаще закреплялись за ремеслом, а не за характером.

Фамилия редкая: она не фигурирует в массовых списках дворянских или купеческих родов, не встречается в крупных ономастических словарях вроде словаря Унбегауна. Это говорит о том, что Смахаровы — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, у которых фамилия сложилась поздно, в XIX веке, при переписях. Географически фамилия могла закрепиться в регионах, где было развито земледелие и зерновое хозяйство — центральная Россия, Поволжье, южные губернии, — но точных данных о гнезде бытования нет.

В написании фамилии возможна вариация через «о» — Смохаров, если в говоре корень произносили с «оканьем». Но в литературной норме закрепился вариант Смахаров, где корень «смах» читается ясно. Однокоренных фамилий немного: Смахов, Смахичев, Смашков — и все они тоже редкие, что подтверждает локальный, нераспространённый характер прозвища.