Фамилия Смайджунас — редкий для русской среды пример литовской фамилии, попавшей в российский именослов. Её носители — почти наверняка потомки литовцев, либо выходцев из Литвы, либо жителей приграничных с ней районов (например, бывшей Ковенской или Виленской губерний). В самой Литве фамилия встречается, но нечастотно, что делает её любопытным объектом для разбора.

Основа фамилии — литовское слово smaigyti, что означает «колоть», «втыкать», «протыкать». От него образовано прозвище Smaigis (Смайгис) — так могли назвать человека с колким языком, остряка, либо мастера, работающего с шилом, иглой или другим колющим инструментом. Суффикс -ūnas (в русской передаче — -унас) — один из типичных литовских патронимических суффиксов, указывающий на происхождение: «сын Смайгиса», «потомок Смайгиса». Таким образом, Смайджунас — это «Смайгисов», «Смайгин сын». Русская огласовка «Смайджунас» вместо ожидаемого «Смайгюнас» — результат адаптации литовского звука [й] к русской фонетике через «дж» (как в фамилии Джавахадзе, но здесь это просто замена буквосочетания).

От той же основы образованы и другие литовские фамилии: Смайгис, Смайгялис, Смайгаускас. Все они восходят к одному прозвищу, но различаются суффиксами, определявшими, как именно называли человека: по отцу, по месту жительства или по характерному признаку. Смайджунас — именно патроним, то есть фамилия, закрепившаяся за детьми конкретного Смайгиса.

В Российской империи литовские фамилии часто русифицировали: добавляли русские суффиксы (-ов, -ин) или просто переписывали на слух. Фамилия Смайджунас сохранилась в исходной литовской форме — значит, её носители либо долго жили компактно в литовской среде, либо получили паспорт уже в советское время, когда национальные формы фамилий перестали переделывать. Сословно предки Смайджунасов, скорее всего, были крестьянами или мещанами — литовская шляхта чаще носила фамилии на -ский или двойные, а у простого народа патронимы на -унас были обычным делом.