Фамилия Смолонская — редкий случай, когда географическая привязка почти очевидна, но точное место теряется в вариантах написания. Основа здесь — «Смолон-», а суффикс -ск- указывает на происхождение от названия местности: такую фамилию получал либо человек, владевший землёй с таким именем, либо выходец из села или города Смолонь, Смолонск или Смолонка. В польской и западнорусской ономастике суффикс -ский (-ская) традиционно закреплялся за дворянскими фамилиями, но в XIX веке его активно перенимали и крестьяне, и мещане, особенно при переходе на фамилии по месту жительства.

Самая вероятная версия связывает фамилию с гидронимом или топонимом «Смолонь». В бассейне Днепра есть река Смолонка, а в Псковской и Смоленской областях встречаются деревни с похожими названиями (Смолонка, Смолонье). Корень «смол-» может отсылать к смоле — либо к промыслу смолокурения, либо к особенности почвы (смолистая, чёрная). Однако в фамилии Смолонская ударение чаще падает на второй слог (СмолОнская), что сближает её с польскими фамилиями на -oński, где -on- — суффикс принадлежности. То есть исходное название могло звучать как Смолонь или Смолона, а житель такого места становился Смолонским.

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральной России и чаще фиксируется на западе — в Беларуси и на Украине, а также среди потомков польской шляхты, переселившейся в XIX веке на Волынь. Это косвенно поддерживает версию о дворянском происхождении: многие обедневшие шляхтичи брали фамилии по названиям своих фольварков. Вариант Смолонская (с окончанием -ая) — русская адаптация польской формы Smolońska.

В написании возможна путаница с фамилией Смоленская, которая образована от города Смоленск и встречается намного чаще. Смолонская — более редкий вариант, и её носители, скорее всего, происходят из одного конкретного гнезда, а не из крупного города. Если искать корни, стоит обратить внимание на деревни с названием Смолонь в Гродненской или Брестской области — именно там фамилия сохранилась до сих пор в небольшом числе записей.