Фамилия Снюшина — женская форма фамилии Снюшин, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Снюша, которое, скорее всего, образовано от глагола «снюхаться» — в старых говорах это означало «сойтись, сблизиться, войти в тайный сговор». Прозвище Снюша могли дать человеку общительному, умеющему договариваться или, напротив, тому, кого подозревали в тайных связях и сговорах. Модель образования типична для северных и центральных русских регионов: суффикс -ин- указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Снюши), то есть буквально «из семьи Снюши».

Менее вероятна, но не исключена связь с диалектным словом «снюха» — так в некоторых областях называли запах, дух, особенно резкий. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с тонким обонянием или, наоборот, неаккуратному. Однако первая версия — от «снюхаться» — встречается в ономастических работах по русским прозвищам чаще, так как отражает социальную характеристику, а не бытовую.

Фамилия редкая, географически не привязана к одному региону: отдельные носители встречаются в документах по Вологодской, Костромской и Нижегородской губерниям XIX века. Встречается также вариант написания с одной «н» — Сюшин, но это уже другая этимология, от имени Сюша (уменьшительное от Сюзанна или Сусанна). Для Снюшиных характерно именно двойное «н» в корне, что подтверждает связь с глагольной основой.

В дореволюционных переписях Снюшины числились в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном, прозвищном происхождении.