Фамилия Сенюшина восходит к уменьшительной форме старинного русского имени Сенюша. В основе лежит каноническое имя Семён, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка и означает «услышанный Богом в молитве». От этого имени в народной среде образовалось множество обиходных форм: Сеня, Сенька, Сенюшка и, наконец, Сенюша — ласковое обращение, которое закрепилось за человеком в быту.

Модель образования фамилии проста и прозрачна. К основе Сенюш- добавился притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность. В древнерусской традиции такая форма отвечала на вопрос «чей ты?»: Сенюшин сын, Сенюшина жена, Сенюшины дети. Со временем притяжательное прилагательное превратилось в родовое прозвание, а затем и в фамилию, которая закрепилась за потомками.

Сам суффикс -ин в русской ономастике типичен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я. Это одна из самых распространённых моделей, наряду с -ов/-ев. Однако в отличие от фамилий, произошедших от полных крестильных имён, форма Сенюшин говорит о том, что предок носителя фамилии в быту звался не Семёном, а именно Сенюшей. Такое имя в документах XVI–XVII веков встречалось повсеместно, но чаще всего его носили люди из крестьянской или посадской среды. Дворянство и духовенство предпочитало полные формы имени, поэтому можно уверенно предположить: основатель рода Сенюшиных был человеком простого сословия.

Стоит обратить внимание и на то, что фамилия Сенюшина — это женская форма. В русской традиции фамилии с суффиксом -ин склоняются по типу прилагательных, и для женщин используется окончание -а. Мужской вариант — Сенюшин. Такое окончание характерно для северных и центральных регионов России, где притяжательные формы на -ин были особенно распространены. В южных и западных землях чаще встречались фамилии на -енко или -ук, поэтому география бытования фамилии Сенюшина может указывать на исконно русские, великорусские территории.

Однокоренные фамилии — Сенин, Сенькин, Сенюшкин, Семёнов — образованы от других форм того же имени. Но Сенюшин стоит несколько особняком: если Семёновых по всей России огромное количество, то Сенюшины встречаются значительно реже. Это говорит о том, что фамилия возникла в относительно узком кругу семей и не получила массового распространения, что типично для родовых прозваний, закрепившихся в одной местности.

Точных сведений о дате возникновения фамилии нет, как нет и документальных упоминаний о конкретных носителях в древних актах. Однако сам механизм её появления хорошо известен историкам ономастики. Подобные фамилии массово формировались в XV–XVII веках, когда у крестьян и посадских людей появилась необходимость в наследственных прозваниях. Сенюша, сын которого стал Сенюшиным, жил, скорее всего, именно в эту эпоху.