Фамилия Софейченко в первую очередь говорит о происхождении её первого носителя с украинских или белорусских земель: характерный суффикс -енко указывает на отчество, которое закрепилось в качестве родового имени. Вопрос лишь в том, от какого имени оно образовано, и здесь есть две равноправные версии.

Более очевидная из них ведёт к женскому имени София. В бытовой, разговорной среде его уменьшительная форма звучала как Софейка, и именно от неё по цепочке «Софейка — сын Софейченко» и возникла фамилия. Имя это греческое, в переводе означает «мудрая», и в христианской традиции оно широко почиталось: вспомним мученицу Софию врачевательницу (память 4 июня), преподобную Софию (17 июня), а также преподобную Софию, в миру Соломонию (29 декабря), и праведную Софию Чудотворицу (31 декабря). Такое количество святых покровительниц делало имя очень распространённым, что косвенно подтверждает эту версию.

Однако есть и вторая гипотеза, которую нельзя сбрасывать со счетов. Форма Софейка могла возникнуть и от мужского канонического имени Софоний. Оно имеет древнееврейские корни и переводится как «Господь сокровенный». В этом случае фамилия указывала бы не на мать, а на отца, что для патронимической модели с суффиксом -енко даже более типично. Обе версии лингвистически состоятельны, и без дополнительных генеалогических данных выбрать одну из них сложно.

Отдельного внимания заслуживает написание фамилии. Чередование согласных в корне (Софейка — Софейченко) — не ошибка и не искажение, а закономерный фонетический процесс: звук [к] перед суффиксом закономерно перешёл в [ч], как это произошло во множестве других восточнославянских фамилий. Так что графический облик Софейченко полностью соответствует правилам словообразования.