Фамилия Софушкин — один из тех случаев, когда на слух угадывается уменьшительно-ласкательная основа, но не сразу понятно, от какого именно имени она пошла. Корень здесь — «Софушк-», и это типичный русский суффиксальный вариант: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Софушки» или «человек из семьи Софушки».

Имя Софушка — это производная форма от женского имени Софья (София). В русской деревне было принято называть детей не полным именем, а домашним, ласковым вариантом: Софушка, Софка, Соша. Однако фамилия, образованная от женского имени, — явление нечастое. Обычно патронимы (отчества) давались по отцу, но если мать играла ключевую роль в воспитании или оставалась единственной кормилицей, или если ребёнок был внебрачным, его могли записать по материнскому имени. В случае с Софушкиным это значит, что родоначальника звали, скорее всего, не Софон (мужское имя), а именно Софушка — уменьшительное от Софьи. Мужское имя Софон (от греческого «софос» — мудрый) тоже существовало, но от него образовались бы фамилии Софонов или Софонкин. Софушкин же чётко отсылает к женскому варианту.

Есть и вторая, менее вероятная версия: в некоторых говорах «софушка» могло быть прозвищем. Например, так могли называть человека сладкоежку или того, кто любил «софийские» (византийские) сладости, но это уже область народной этимологии, не подкреплённой документами. Словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе «от женских имён», и Софушкин стоит в одном ряду с Марьиным, Аннушкиным, Катькиным.

Географически фамилия редкая. Встречается в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской и Нижегородской губерниях, где имя Софья было распространено в крестьянской среде. В дворянских родах такие фамилии почти не фиксировались — там предпочитали полные формы или фамилии на -ский.

Таким образом, предок носителя фамилии Софушкин — это, скорее всего, сын или потомок женщины по имени Софья, которую в быту звали ласково Софушкой. Фамилия сохранила тепло домашнего обращения и редкую для русского ономастикона модель «от женского имени».