Фамилия Сониду — редкий случай, когда географическое происхождение почти полностью проясняет её значение. Это не русская фамилия в привычном понимании, а греческая или греко-понтийская. Она образована по модели, характерной для фамилий греков Причерноморья и бывшей Османской империи: основа плюс суффикс -иду (-idou) или его мужской вариант -идис (-idis). В женском роде фамилия часто застывала в форме на -иду, которая затем передавалась по наследству, независимо от пола носителя. Так что Сониду — это, скорее всего, «дочь» или «потомок» человека по имени или прозвищу Сонис.

Основа «Сонис» — это либо краткая форма от греческого имени, либо прозвище. Самая вероятная версия: от греческого имени Сотирис (Σωτήρης), что значит «спаситель». В бытовой речи имя сокращали до Сотис, а затем до Сонис. Суффикс -идис/-иду присоединялся к таким усечённым формам, образуя фамилии, указывающие на родство. Вторая, менее популярная гипотеза: связь с греческим словом «сон» (сон, сновидение) — такое прозвище могли дать задумчивому или мечтательному человеку. Но первая версия надёжнее, так как модель «от крестильного имени + патронимический суффикс» — одна из самых массовых в греческой ономастике.

В России и на постсоветском пространстве фамилия Сониду встречается почти исключительно у потомков понтийских греков, переселившихся из Турции в ходе обмена населением в 1920-е годы или эмигрировавших раньше. Географически она привязана к регионам компактного проживания греков: Краснодарский край, Ставрополье, Донецкая область, Грузия (Цалка). В самой Греции фамилия тоже бытует, но в форме Сонидис или Сониду (с ударением на последний слог).

Ударение в русском языке неустойчиво: чаще говорят Сониду́ (как в греческом), реже Со́ниду. В документах фамилия не склоняется, если принадлежит женщине, и склоняется по второму склонению, если принадлежит мужчине (Сониду, Сониду, Сониду). По сословной принадлежности предки Сониду — это в основном крестьяне, ремесленники, торговцы; дворянских корней у фамилии нет, так как греческая диаспора в Российской империи не имела массового привилегированного статуса.