Фамилия Сонюшкина — редкий и очень показательный пример, как в русской фамилии сохранилась не только основа, но и уменьшительно-ласкательный суффикс, который в бытовой речи давно стёрся. В ней слышна не просто фамилия, а семейное прозвище, данное с теплотой.

Основа фамилии — женское имя Соня. В XIX веке это была не официальная форма имени Софья, а именно домашнее, обиходное обращение. В крестьянской и мещанской среде детей часто называли не по паспорту, а по-домашнему, и в документах могли записать не «Софья», а именно «Соня». От этого имени образовали притяжательное прилагательное с суффиксом -ин: Сонин (чей? — Сонин). Но в фамилии Сонюшкина мы видим двойную уменьшительную обработку: сначала имя Соня превратили в Сонюшка (с суффиксом -ушк-), а уже от этой ласкательной формы образовали фамилию — Сонюшкин. То есть предка звали не просто Соня, а именно Сонюшка, и фамилия буквально означает «принадлежащий Сонюшке».

Главная особенность этой фамилии — её женская форма в написании. В русской традиции фамилии на -ин/-ын давались по отцу или мужу: Иванов — Иванова, Сонюшкин — Сонюшкина. Если вы носите фамилию Сонюшкина, значит, перед вами либо женщина, либо в документы попала форма женского рода. Мужской вариант — Сонюшкин — практически не встречается в современных справочниках, что говорит о крайней редкости фамилии. Скорее всего, она бытовала в одной-двух деревнях и могла закрепиться за целой семьёй, где главу дома в быту называли Сонюшкой (возможно, из-за мягкого характера или как ласковое прозвище).

С точки зрения географии, такие фамилии с двойным уменьшительным суффиксом (-ушк- + -ин) типичны для северных и центральных губерний России, где любили «растягивать» имена в быту: Ванюшка, Манюшка, Сонюшка. Сравните с фамилиями Ванюшкин, Манюшкин — они построены по той же модели. Социально это однозначно крестьянская или мещанская фамилия: дворянские роды так не образовывали, предпочитая формы на -ский или прямые отчества.

Версия о происхождении от слова «соня» (сонный человек) маловероятна. Хотя прозвище Соня существовало, от него образовалась бы фамилия Сонин или Сонькин. Форма Сонюшкина жёстко привязана к имени собственному: суффикс -ушк- в русском языке почти всегда указывает на ласкательное обращение к человеку, а не на качество. Так что ваш предок, скорее всего, был просто Сонюшкой — любимым сыном или внуком, которого так звали в семье, а фамилия закрепилась за его потомками.