Фамилия Сойту — редкая и неочевидная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно сразу отбросить привычную модель «основа + суффикс -ов/-ин». В ней нет ни типичного форманта, ни славянского корня. Перед нами, скорее всего, фамилия, пришедшая из языков народов Севера, Сибири или Поволжья.

Наиболее вероятная версия связывает Сойту с коми-пермяцким или удмуртским словом «сой» — «глина», «ил» или «болотистая почва». В таком случае Сойту могло быть прозвищем человека, жившего у глинистого берега реки, на болотистой низине, либо того, кто добывал или обрабатывал глину (гончар). Суффикс -у в финно-угорских языках часто указывает на принадлежность к чему-то или нахождение в определённом месте, поэтому фамилия могла означать «живущий на глинистой земле» или «глинистый».

Вторая гипотеза, менее проработанная, выводит Сойту из тюркских языков. В некоторых диалектах «сой» означает «род», «племя», а «ту» — суффикс собирательности. Тогда Сойту могло быть родовым прозвищем, которое закрепилось за выходцами из одной семьи или клана. Однако эта версия упирается в отсутствие широкой тюркской антропонимики с таким окончанием.

Географически фамилия встречается в основном на северо-востоке европейской части России — в Республике Коми, Пермском крае, Кировской области. Это косвенно подтверждает коми-пермяцкую версию. Встречаются также единичные носители в Башкортостане и Татарстане, что допускает смешение финно-угорского и тюркского влияния.

Словообразовательная модель фамилии уникальна: она не использует русские патронимические суффиксы, а сохраняет исходную основу в почти неизменном виде. Это значит, что фамилия, скорее всего, была записана в документах как есть, без адаптации под стандарт -ов/-ев. Такое случалось с фамилиями нерусского населения, когда переписчики фиксировали прозвище или самоназвание человека дословно.

Точной даты появления фамилии Сойту в письменных источниках нет. Можно предположить, что она оформилась в XVIII–XIX веках, когда у крестьян и инородцев начали массово закрепляться наследственные фамилии. В метрических книгах и ревизских сказках Вятской и Пермской губерний такие фамилии встречаются, но Сойту остаётся одной из самых редких.