Фамилия Спунгина — редкий случай, где за привычным русским суффиксом -ин скрывается неочевидная иноязычная основа. Вопреки ожиданиям, корень здесь не славянский, а, скорее всего, западный, что сразу выделяет эту фамилию из ряда типичных «профессиональных» или «патронимических» образований. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Спунгина — это «дочь» или «жена» человека по прозвищу Спунга.

Самая вероятная версия связывает основу с немецким или голландским словом Schwamm (губка, гриб) или его диалектными вариантами. В немецком языке есть фамилия Schwamm, а в нижненемецких говорах — Spung. В России такие фамилии могли появиться через прибалтийских немцев, переселенцев или мастеров, работавших на мануфактурах. Прозвище Спунга мог получить человек, занимавшийся сбором или продажей губок, либо тот, кто по роду деятельности имел дело с этим материалом — например, красильщик или шорник. В переносном смысле прозвище могли дать за мягкотелость или, наоборот, за въедливость (по аналогии с грибом, который прорастает сквозь всё).

Менее вероятна, но допустима версия от финно-угорского корня, где «спунга» могло означать «пену» или «пузырь» — такое прозвище дали бы болтливому или легкомысленному человеку. Однако географическое распространение фамилии (она встречается в центральных областях России и на северо-западе) склоняет к версии о немецком следе.

Несмотря на женское окончание, фамилия Спунгина — это форма женского рода. Мужской вариант — Спунгин. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о единичном случае закрепления прозвища в качестве родового имени. С точки зрения словообразования, это типичная «матронимическая» или «жено-патронимическая» модель, но с экзотической основой.