Фамилия Стаикин — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. В ней работает модель на -ин, типичная для русских фамилий от основ на -а/-я. Но если бы фамилия звучала как Стайкин, вопросов почти не возникло бы: прозвище Стайка — уменьшительное от «стая» (группа, ватага, иногда — птичий выводок). Однако здесь стоит буква «и» после корня, а не «й». Это указывает на то, что в основе лежит имя или прозвище Стаика (или Стайка, но с диалектным произношением, где «й» перешло в «и»).

Самая прямая версия — прозвище Стайка, которое давали человеку, жившему в стае, то есть в общем жилье или артели, либо тому, кто держался вместе с другими, «стайно». В северных и сибирских говорах «стая» означала не только группу, но и хлев, загон для скота, а иногда — крытый двор. Прозвище могло закрепиться за крестьянином, который содержал общий скот или жил при большом дворе. Менее вероятно, но возможно, что основа — стаик (уменьшительное от «стан» или «стойло»), но тогда фамилия писалась бы Стаиков, а не Стаикин.

В ономастических справочниках фамилия Стаикин не упоминается среди массовых, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в одном из регионов Русского Севера или Поволжья, где диалекты сохраняли формы вроде «стаика» вместо «стайка». По сословной принадлежности предки — почти наверняка крестьяне или однодворцы, так как фамилии на -ин от прозвищ редко встречались у дворянства.

Есть и более спорная гипотеза: связь с тюркским корнем, где «стай» или «стаи» означало «стойкий», «крепкий». Но для неё нет убедительных доказательств, и она проигрывает русской версии, поскольку фамилия имеет прозрачную славянскую структуру. В итоге Стаикин — это фамилия-прозвище, которая прямо говорит о быте и укладе предка: жил в стае, при стаде или в общем дворе.