Фамилия Станищев — редкий случай, когда корень слова почти не оставляет сомнений в прозвище, от которого она пошла. В основе лежит глагол «станить» или существительное «стан». В старых русских говорах «станить» значило «ставить, устанавливать», а также «располагаться станом, лагерем». Человек, которого прозвали Стан или Станище, мог быть тем, кто ставил шатры, разбивал лагерь — походный слуга, обозный или, напротив, предводитель, «становивший» войско.

Суффикс -ищ- в прозвище Станище — увеличительный. В русской ономастике он нередко указывал на крупного, видного человека или на того, кто выполнял важную, масштабную работу. Станище — не просто «стан», а «большой стан» или «человек при большом стане». Затем к основе добавился типичный патронимический суффикс -ев, превративший прозвище в фамилию: Станищев — сын Станища.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, особенно к бывшим землям Войска Донского и Курской губернии. Там слово «стан» долго сохраняло значение «военный лагерь, стоянка казаков», а «станить» — «останавливаться на ночлег, ставить стан». Донские казаки часто получали фамилии по прозвищам, связанным с походным бытом, и Станищев — один из таких примеров.

Есть и другая, менее вероятная версия: от личного имени Станислав в его сокращённой форме Стан. Но тогда фамилия звучала бы как Станиславов, а Станищев — форма, скорее, от прозвищного варианта. В пользу «станного» происхождения говорит и параллельная фамилия Станищевский, встречающаяся в тех же краях, где суффикс -ский подчёркивает принадлежность к месту — «из стана».

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксировалась с одним «н» и окончанием -ев, что подтверждает её исконно русскую, а не украинскую или польскую природу. Известных носителей с громкой исторической славой нет, но в списках однодворцев и казаков XIX века Станищевы встречаются регулярно.