Фамилия Стануйлис — почти наверняка литовского происхождения, и в этом её главная особенность. В русском языке она звучит непривычно, поскольку образована не по славянской модели на -ов или -ин, а по литовской модели с суффиксом -улис (-ulis). Этот суффикс в литовской антропонимии обычно указывает на уменьшительность или принадлежность: он присоединялся к основе имени или прозвища, образуя фамилию, которую можно перевести как «сын такого-то» или просто «маленький, младший».

Основа «Стануй» скорее всего восходит к литовскому личному имени Станисловас (Stanislovas) или его краткой форме Станис (Stanys). В литовском языке при образовании фамилий от имён часто происходило усечение и добавление суффиксов: от Stanys — Станулис (Stanulis). Русская передача «Стануйлис» вместо ожидаемого «Станулис» — результат адаптации на слух: литовское «u» в суффиксе могло быть воспринято как «уй» из-за особенностей произношения или записи в документах XIX–XX веков. Встречаются и другие варианты написания той же фамилии: Станулис, Станулявичюс.

Географически фамилия сосредоточена в Литве и среди литовской диаспоры. В России и Беларуси она редка, но могла появиться в западных губерниях после вхождения литовских земель в состав Российской империи. Носители фамилии Стануйлис — потомки литовских крестьян или мелкой шляхты, которые в XIX веке получили фиксированные фамилии по отчеству или прозвищу. Сословная принадлежность не определяется однозначно: суффикс -улис встречался и у крестьян, и у шляхтичей, поэтому искать здесь указание на знатность не стоит.

Фамилия не имеет славянских корней, и попытки вывести её из русского глагола «стать» или слова «стан» ошибочны. Это чистый балтизм, сохранивший в русском написании следы литовской фонетики.