Фамилия Стибелис — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор заставляет задуматься о происхождении носителя. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а литовская или жемайтийская, адаптированная к русской письменности. Основа — литовское слово stibėti (торчать, топорщиться) или stibis (острый выступ, шип). Прозвище Стибелис могли дать человеку с характерной внешностью — например, с торчащими вихрами, острым носом или угловатой фигурой. В литовской антропонимике суффикс -elis образует уменьшительные или фамильярные формы, так что исходное прозвище могло значить «колючка», «торчок» или «ершистый».

Фамилия могла попасть в русский контекст через миграцию литовцев в XIX — начале XX века, особенно после восстаний и отмены крепостного права. Встречается она в основном в западных губерниях Российской империи — Виленской, Ковенской, Гродненской. В русской среде её часто переделывали на слух: теряли мягкое окончание, превращая в Стибелисов, или писали как Стибелис, сохраняя исходную форму.

Словообразовательная модель здесь необычна для русской фамилии: типичные суффиксы -ов/-ев или -ин отсутствуют, а окончание -ис выдает балтийское влияние. Если бы фамилия была искусственно русифицирована, она звучала бы как Стибелев или Стибелин. Сохранение формы на -ис — маркер того, что предки не сразу перешли на русский ономастический шаблон. Встречаются варианты написания Стибелис и Стибелис (с ударением на первый или второй слог), что связано с местными говорами.

Других версий, кроме балтийской, практически нет. Славянский корень «стиб-» не прослеживается ни в древнерусском, ни в диалектах. Сближение с греческим stibos (тропа) или немецким Stiebel (сапог) — натяжка, лишённая исторических подтверждений. Так что для носителя фамилии Стибелис наиболее вероятна литовская родословная, где предок получил прозвище за острый нрав или внешнюю «колючесть».