Фамилия Стипахно — редкий случай, когда украинская народная форма церковного имени закрепилась в виде фамилии с характерным суффиксом. В её основе лежит имя Степан (через греческое Стефанос — «венок», «венец»). В украинских говорах имя Степан часто звучало как Стипан: звук [е] переходил в [и] под влиянием местного произношения. От этой разговорной формы — Стипан — с помощью уменьшительного суффикса -хн- образовали имя Стипахно. Первоначально это было не фамилией, а ласкательным или обиходным именем для ребёнка или взрослого в семье: «малый Стипан» или «Стипан, наш Стипахно».

Суффикс -хн- — довольно редкий для восточнославянских фамилий. Он встречается в украинских и белорусских фамилиях, образованных от имён (Матюхно, Ивахно, Степахно). Такие формы возникали как производные второй степени: сначала от полного имени (Степан) отсекали часть и добавляли суффикс -х-, а затем наращивали -н- (Степан → Степах → Степахно). Со временем это прозвищное имя перестало быть личным и закрепилось за потомками как фамилия.

Географически фамилия Стипахно почти наверняка происходит из западных или центральных областей Украины — регионов, где была сильна традиция украинского народного произношения имени Степан. В России и Беларуси такие формы встречаются реже, чаще в пограничных зонах. В отличие от фамилий на -енко (Степаненко) или -ук (Степанюк), которые массово возникали в тех же местах, Стипахно остаётся штучной, локальной фамилией.

Сословно носители этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками. Фамилии на -хно не были дворянскими: они фиксируют простонародную, бытовую речь. Если бы предок был священником или писарем, фамилия, вероятно, приняла бы форму на -ский (Степановский) или осталась бы при церковном варианте имени. Стипахно — это след живого украинского говора, где имя не подчинялось книжной норме, а звучало так, как было привычно в семье и на улице.