Фамилия Стодольников — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную или профессиональную версию. Основа здесь — «стодол» или «стодоля». В южнорусских и украинских говорах стодолом называли крытый ток для молотьбы, сарай для сена или снопов. Человек, живший у такого строения или работавший на току, мог получить прозвище Стодольник. Однако суффикс -ников указывает не столько на занятие, сколько на принадлежность: Стодольников — буквально «сын Стодольника» или «из рода Стодольников». То есть сначала возникло прозвище Стодольник, а от него — фамилия.

Но есть нюанс, который делает эту фамилию более локальной. Форма «стодол» (а не «стог» или «овин») распространена в основном в Курской, Орловской, Воронежской областях и на Слобожанщине. Именно оттуда, скорее всего, и пошли Стодольниковы. В центральных и северных губерниях то же сооружение называли ригой или гумном, поэтому там фамилия не возникла бы. Это сразу сужает ареал поиска предков для носителя фамилии — стоит смотреть в сторону чернозёмных регионов России и востока Украины.

Словообразовательная модель простая: корень «стодол», суффикс «-ник» (носитель признака или деятель), затем патронимический суффикс «-ов». Фамилия недворянская, не искусственная — явное крестьянское или однодворческое происхождение. В переписях и ревизских сказках XIX века такие фамилии часто записывали «на слух», поэтому возможны варианты Стодольников, Стодольниковъ, реже Стодольниченко на юге. Других версий, вроде связи с числом «сто» или долей земли, лингвисты не поддерживают: «сто долей» — слишком искусственная конструкция для прозвища, а реальное слово «стодол» зафиксировано в словарях Даля и диалектологов.

В современных справочниках фамилия встречается нечасто, но стабильно держится в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях. Известных носителей, вошедших в энциклопедии, нет — это как раз та фамилия, которая сохранилась в народной среде без перехода в дворянские или купеческие сословия.