Фамилия Стогнушко — яркий пример того, как прозвище, данное по характерному звуку или поведению, намертво приросло к роду. Её основа — глагол «стогнать» или «стогнуть», который в южнорусских и украинских говорах означает «стонать», «охать», «издавать глухой жалобный звук». Суффикс -ушк- (с чередованием г/ж) указывает на уменьшительно-пренебрежительную или просто разговорную форму: Стогнушко — это буквально «тот, кто постоянно постанывает», «стонущий человечек». В отличие от стандартных русских фамилий на -ов/-ев, окончание -ко типично для украинской и белорусской ономастики, поэтому фамилия тяготеет к западно- и южнорусским землям, а также к Украине.

Не исключена и более прозаичная версия: в некоторых диалектах «стогнать» могло означать «громко вздыхать от усталости» или даже «кряхтеть при работе». Тогда прозвище Стогнушко могли дать не больному или слабому человеку, а, наоборот, трудяге, который после тяжёлой работы издавал характерные звуки. В любом случае, корень здесь не книжный, а живой, бытовой — фамилия родилась в среде, где прозвище давали по внешним, слышимым признакам.

Словообразовательная модель проста: основа «стогн-» (от «стогнать») плюс суффикс -ушк- и фамильный формант -о. Близкие по структуре фамилии — Стогний, Стогнутенко, Стогнушевский. Но Стогнушко стоит особняком: суффикс -ушк- в фамилиях встречается реже, чем -енк- или -ук-, что делает её более узнаваемой. Встречается фамилия и в варианте Стогнушко́ (с ударением на последний слог), что характерно для некоторых районов Черниговщины и Полтавщины.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — прозвища такого типа редко встречались у дворянства. Географически фамилия распространена в основном на западе России (Брянская, Смоленская области) и на северо-востоке Украины. Документальных упоминаний о знатных Стогнушко нет, но это не умаляет её ценности: она сохранила живую народную речь, где «стогнать» когда-то было обычным словом, а теперь осталось только в фамилиях.