Фамилия Столбухин — редкий пример, где основа почти наверняка не связана с тем, что приходит в голову в первую очередь. Вопреки ожиданию, корень здесь не «столб» в значении деревянной опоры или дорожного указателя. Словообразовательная цепочка ведет к диалектному глаголу «столбухать» — стучать, колотить, бить с глухим шумом. От него образовалось прозвище Столбуха — его давали либо человеку с тяжелой походкой, который «столбухает» при ходьбе, либо неуклюжему, грубоватому в обращении. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Столбухин буквально значит «сын Столбухи» или «из семьи Столбухи».

В русской ономастике модель с суффиксом -ин типична для фамилий, образованных от основ на -а/-я. Здесь она сработала от прозвищной формы, а не от крестильного имени, что говорит о простонародном, скорее всего крестьянском, происхождении. Сословная среда — северные и центральные губернии России, где диалектная лексика с глухими звукоподражательными корнями была особенно живуча.

Есть и вторая, менее вероятная гипотеза. В псковских и тверских говорах «столбуха» — это вид рыбы, мелкий окунь или ерш. В этом случае прозвище могло закрепиться за рыбаком или за человеком с колючим, неуживчивым характером — по аналогии с ершом. Но первая версия подкрепляется типом словообразования: глагольные прозвища на -уха в русских фамилиях встречаются чаще, чем рыбьи названия, и дают более естественный переход в фамилию.

Фамилия редкая, документально фиксируется в основном в Тверской и Новгородской областях. Встречаемость низкая, что косвенно подтверждает её узколокальное происхождение — от одного прозвища в конкретной волости. Параллельные формы (Столбухов, Столбухинский) почти не зафиксированы, что делает Столбухина фамилией с устойчивым, неразмытым корнем.