Фамилия Стонякина — женская форма фамилии Стонякин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Стоняка. Основа «Стон-» вызывает два основных толкования, и оба укладываются в логику древнерусских прозвищ.

Первое и самое прямое: Стоняка — человек, который часто стонет, жалуется, возможно, из-за болезни или тяжелого характера. В русских говорах «стонать» означало не только издавать стон от боли, но и ныть, клянчить. Такие прозвища по поведению были обычны: Крикун, Плакса, Ворчун. Фамилии на -яка (-якин) — довольно редкая словообразовательная модель, характерная для северных и центральных регионов России. Суффикс -як- придавал прозвищу оттенок просторечия и бытовой оценки, как в фамилиях Молчакин, Бродякин, Гулякин.

Вторая версия менее очевидная, но лингвистически возможная: связь с диалектным словом «стон» в значении «стоножка» или «сороконожка». В некоторых говорах «стонавка» — это мокрица или многоножка. Прозвище Стоняка могли дать суетливому, мелкому человеку, который «везде ползает». Однако эта гипотеза слабее, так как не имеет широкого распространения в ономастической литературе, и первая версия — по поведению — выглядит правдоподобнее.

Фамилия Стонякин фиксируется в основном в Поволжье и на Урале. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении — от одного конкретного прозвища, закрепившегося за родом. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища на -яка редко давали в дворянской среде, предпочитавшей более книжные формы.

Таким образом, Стонякина — это фамилия, корни которой лежат в бытовой характеристике предка: либо он был человеком невеселым, склонным к жалобам, либо получил прозвище по сходству с насекомым. Первый вариант надежнее, второй — интересный, но спорный.