Фамилия Стонякин — яркий пример того, как за привычным суффиксом скрывается неочевидная основа. В отличие от большинства фамилий на -ин, образованных от имен или прозвищ на -а/-я (Сорока — Сорокин, Гриша — Гришин), Стонякин имеет более сложную словообразовательную цепочку. Ключ к разгадке — суффикс -як-, который в русских говорах часто указывал на принадлежность к чему-либо или характерный признак. Сравните: рыбак, моряк, добряк. Соответственно, Стоняк — это человек, связанный с чем-то или обладающий каким-то свойством.

Самая вероятная версия происхождения основы — от глагола «стонать». В этом случае Стоняком могли прозвать человека, который часто и громко стонет, жалуется на жизнь, ноет. Такие прозвища по поведению были обычны в крестьянской среде: Крикун, Молчун, Стоняк. Фамилия Стонякин, таким образом, означает «сын Стоняка» или «из рода Стоняка». Суффикс -ин указывает на прямое родство.

Менее вероятно, хотя и возможно, что в основе лежит неканоническое имя Стоня, которое могло быть производным от Стоян (очень популярное у южных славян имя, означающее «стойкий», «устойчивый»). Но для русской ономастики такая модель (Стоня → Стоняка → Стонякин) нехарактерна и выглядит натяжкой. Правдоподобнее, что Стоняк — это самостоятельное прозвище, а не патроним от Стоня.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Воронежской, Ростовской, Волгоградской областям. Это зона, где суффикс -як в фамилиях встречается чаще, чем в северных регионах. Сословно это почти наверняка крестьянская фамилия, закрепившаяся за одной семьей в XVIII–XIX веках. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если отбросить версию с южнославянским именем, то этимология Стонякина проста и прозрачна: предок носителя фамилии был заметен тем, что часто стонал. Прозвище не из благозвучных, но в русской деревне его не считали оскорбительным — скорее, метким и описательным.